据调查，目前在涉农补贴发放中存在农民手中存折过多影响取款、金融服务瓶颈加剧、管理部门之间协调配合较差等问题，直接或间接影响农民的实际利益，也造成整个补贴发放管理成本较高，建议依托国库集中支付系统加强涉农补贴发放管理。

　　有效整合农民补贴账户。由财政部门牵头，配合农村信用社开展农民补贴账户的清理工作。从现有的涉农补贴看，每家农户至少享有一种以上的政策补贴，以农户家庭为单位，保留户主存折作为农民补贴基本账户，其他成员的补贴账户进行销户。对于如三峡移民后扶等文件明确规定的必须按人开立账户的移民地区农户家庭，保留家庭成员的账户，这类专项补贴化入每一个家庭成员帐户，其他没有文件明确规定的划入农户户主补贴账户。

　　建立农户信息管理系统。基于财政部门在涉农补贴的中心地位，由财政部门牵头，组织各个涉农补贴归口管理部门和相关金融机构，建立农户信息管理系统，包括农户家庭基本信息、各项补贴政策信息、农户获得补贴信息等，方便农户随时查询，也便于各个相关部门的信息交流与沟通，实现信息共享。

　　依托国库集中收付系统支拨。在涉农补贴的发放过程中，各项涉农补贴的归口管理部门按照规定程序确定补贴对象，进行公示；然后将确定的补贴名单报送财政承办部门审核并进行公示无疑义后，由财政预算部门通过国库集中收付系统进行划拨，明确规定必须进入每一个家庭成员账户，直接拨付其账户，没有明确规定的直接分项划入农户户主账户。

　　实行金融定点代理发放。涉农补贴的发放是一项政策性、政治性很强的工作。对于金融机构来说，是一项政策性的代理业务，由于目前缺乏对于金融机构的相关补贴政策，亏损只有信用社自行承担，从而加重了信用社负担。财政部门应结合金融部门代理此项业务的收支情况，制定相关的补贴政策。从现有农村金融机构的布局看，也只能由信用社进行代理。在明确费用补贴政策的前提下，与信用社签定代理协议，明确服务要求，促进信用社不断增加投入，改善服务条件。

　　鉴于逐步加大对于农村、农业、农民的财政补贴，是国家一项长期执行的政策，补贴项目会越来越多、补贴力度会越来越大，建议人民银行会同财政部门制定《涉农补贴支付管理办法》，明确地方政府、各级财政、归口管理部门以及代理金融机构的各项职责。

　　鉴于金融部门代理涉农补贴业务亏损的实际情况，建议财政部门充分考虑代理涉农补贴业务的政策性特征，制定《金融机构代理政策性业务的的补贴管理办法》，按照中央财政与地方财政共同分担的原则，给予金融机构进行代理政策性业务的费用补贴。

　　各级政府应建立涉农补贴政策落实协调机制，有效解决各归口部门难以协调配合的问题，为优化涉农补贴发放管理创造条件。

　　国家决策部门应加快制定农村金融改革总体框架，积极推进农村金融体制改革，制定相关措施，优化农村支付结算环境，增强农村金融机构的服务能力。